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Geatpy 源码阅读：
sga_real_templet.py
这个就是普通的演化算法
# -*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np
import geatpy as ga
import time
def sga_real_templet(AIM_M, AIM_F, PUN_M, PUN_F, FieldDR, problem, maxormin, MAXGEN, NIND, SUBPOP, GGAP, selectStyle, recombinStyle, recopt, pm, distribute, drawing = 1):
"""
sga_real_templet.py - 单目标编程模板(实值编码)
语法：
该函数除了参数drawing外，不设置可缺省参数。当某个参数需要缺省时，在调用函数时传入None即可。
比如当没有罚函数时，则在调用编程模板时将第3、4个参数设置为None即可，如：
sga_real_templet(AIM_M, 'aimfuc', None, None, ..., maxormin)
输入参数：
AIM_M - 目标函数的地址，由AIM_M = __import__('目标函数所在文件名')语句得到
目标函数规范定义：[f,LegV] = aimfuc(Phen,LegV)
其中Phen是种群的表现型矩阵, LegV为种群的可行性列向量,f为种群的目标函数值矩阵
AIM_F : str - 目标函数名
PUN_M - 罚函数的地址，由PUN_M = __import__('罚函数所在文件名')语句得到
罚函数规范定义： newFitnV = punishing(LegV, FitnV)
其中LegV为种群的可行性列向量, FitnV为种群个体适应度列向量
一般在罚函数中对LegV为0的个体进行适应度惩罚，返回修改后的适应度列向量newFitnV
PUN_F : str - 罚函数名
FieldDR : array - 实际值种群区域描述器
[lb; (float) 指明每个变量使用的下界
ub] (float) 指明每个变量使用的上界
注：不需要考虑是否包含变量的边界值。在crtfld中已经将是否包含边界值进行了处理
本函数生成的矩阵的元素值在FieldDR的[下界, 上界)之间
problem : str - 表明是整数问题还是实数问题，'I'表示是整数问题，'R'表示是实数问题
maxormin int - 最小最大化标记，1表示目标函数最小化；-1表示目标函数最大化
MAXGEN : int - 最大遗传代数
NIND : int - 种群规模，即种群中包含多少个个体
SUBPOP : int - 子种群数量，即对一个种群划分多少个子种群
GGAP : float - 代沟，表示子代与父代染色体及性状不相同的概率
selectStyle : str - 指代所采用的低级选择算子的名称，如'rws'(轮盘赌选择算子)
recombinStyle: str - 指代所采用的低级重组算子的名称，如'xovsp'(单点交叉)
recopt : float - 交叉概率
pm : float - 重组概率
distribute : bool - 是否增强种群的分布性（可能会造成收敛慢）
drawing : int - (可选参数)，0表示不绘图，1表示绘制最终结果图。默认drawing为1
输出参数：
pop_trace : array - 种群进化记录器(进化追踪器),
第0列记录着各代种群最优个体的目标函数值
第1列记录着各代种群的适应度均值
第2列记录着各代种群最优个体的适应度值
var_trace : array - 变量记录器，记录着各代种群最优个体的变量值，每一列对应一个控制变量
times : float - 进化所用时间
模板使用注意：
1.本模板调用的目标函数形如：[ObjV,LegV] = aimfuc(Phen,LegV),
其中Phen表示种群的表现型矩阵, LegV为种群的可行性列向量(详见Geatpy数据结构)
2.本模板调用的罚函数形如: newFitnV = punishing(LegV, FitnV),
其中FitnV为用其他算法求得的适应度
若不符合上述规范，则请修改算法模板或自定义新算法模板
3.关于'maxormin': geatpy的内核函数全是遵循“最小化目标”的约定的，即目标函数值越小越好。
当需要优化最大化的目标时，需要设置'maxormin'为-1。
本算法模板是正确使用'maxormin'的典型范例，其具体用法如下：
当调用的函数传入参数包含与“目标函数值矩阵”有关的参数(如ObjV,ObjVSel,NDSetObjV等)时，
查看该函数的参考资料(可用'help'命令查看，也可到官网上查看相应的教程)，
里面若要求传入前对参数乘上'maxormin',则需要乘上。
里面若要求对返回参数乘上'maxormin'进行还原，
则调用函数返回得到的相应参数需要乘上'maxormin'进行还原，否则其正负号就会被改变。
"""
"""==========================初始化配置==========================="""
# 获取目标函数和罚函数
aimfuc = getattr(AIM_M, AIM_F) # 获得目标函数
if PUN_F is not None:
punishing = getattr(PUN_M, PUN_F) # 获得罚函数
NVAR = FieldDR.shape[1] # 得到控制变量的个数
# 定义进化记录器，初始值为nan
pop_trace = (np.zeros((MAXGEN ,2)) * np.nan)
# 定义变量记录器，记录控制变量值，初始值为nan
var_trace = (np.zeros((MAXGEN ,NVAR)) * np.nan)
ax = None # 存储上一帧图形
repnum = 0 # 初始化重复个体数为0
"""=========================开始遗传算法进化======================="""
if problem == 'R':
Chrom = ga.crtrp(NIND, FieldDR) # 生成初始种群
elif problem == 'I':
Chrom = ga.crtip(NIND, FieldDR)
LegV = np.ones((NIND, 1)) # 初始化种群的可行性列向量
[ObjV, LegV] = aimfuc(Chrom, LegV) # 求种群的目标函数值
gen = 0
badCounter = 0 # 用于记录在“遗忘策略下”被忽略的代数
# 开始进化！！
start_time = time.time() # 开始计时
while gen < MAXGEN:
if badCounter >= 10 * MAXGEN: # 若多花了10倍的迭代次数仍没有可行解出现，则跳出
break
FitnV = ga.ranking(maxormin * ObjV, LegV, None, SUBPOP)
if PUN_F is not None:
FitnV = punishing(LegV, FitnV) # 调用罚函数
# 记录进化过程
bestIdx = np.argmax(FitnV) # 获取最优个体的下标
if LegV[bestIdx] != 0:
feasible = np.where(LegV != 0)[0] # 排除非可行解
pop_trace[gen,0] = np.sum(ObjV[feasible]) / ObjV[feasible].shape[0] # 记录种群个体平均目标函数值
pop_trace[gen,1] = ObjV[bestIdx] # 记录当代目标函数的最优值
var_trace[gen,:] = Chrom[bestIdx, :] # 记录当代最优的控制变量值
repnum = len(np.where(ObjV[np.argmax(FitnV)] == ObjV)[0]) # 计算最优个体重复数
# 绘制动态图
if drawing == 2:
ax = ga.sgaplot(pop_trace[:,[1]],'种群最优个体目标函数值', False, ax, gen)
badCounter = 0 # badCounter计数器清零
else:
gen -= 1 # 忽略这一代（遗忘策略）
badCounter += 1
if distribute == True: # 若要增强种群的分布性（可能会造成收敛慢）
idx = np.argsort(ObjV[:, 0], 0)
dis = np.diff(ObjV[idx,0]) / (np.max(ObjV[idx,0]) - np.min(ObjV[idx,0]) + 1)# 差分计算距离的修正偏移量
dis = np.hstack([dis, dis[-1]])
dis = dis + np.min(dis) # 修正偏移量+最小量=修正绝对量
FitnV[idx, 0] *= np.exp(dis) # 根据相邻距离修改适应度，突出相邻距离大的个体，以增加种群的多样性
# 进行遗传算子
SelCh=ga.selecting(selectStyle, Chrom, FitnV, GGAP, SUBPOP) # 选择
SelCh=ga.recombin(recombinStyle, SelCh, recopt, SUBPOP) # 对所选个体进行重组
if problem == 'R':
SelCh=ga.mutbga(SelCh,FieldDR, pm) # 变异
if repnum > Chrom.shape[0] * 0.01: # 当最优个体重复率高达1%时，进行一次高斯变异
SelCh=ga.mutgau(SelCh, FieldDR, pm) # 高斯变异
elif problem == 'I':
SelCh=ga.mutint(SelCh, FieldDR, pm)
LegVSel = np.ones((SelCh.shape[0], 1)) # 初始化育种种群的可行性列向量
[ObjVSel, LegVSel] = aimfuc(SelCh, LegVSel) # 求育种种群的目标函数值
FitnVSel = ga.ranking(maxormin * ObjVSel, LegVSel, None, SUBPOP) # 计算育种种群的适应度
if PUN_F is not None:
FitnVSel = punishing(LegVSel, FitnVSel) # 调用罚函数
# 重插入
[Chrom, ObjV, LegV] = ga.reins(Chrom, SelCh, SUBPOP, 1, 1, FitnV, FitnVSel, ObjV, ObjVSel, LegV, LegVSel)
gen += 1
end_time = time.time() # 结束计时
times = end_time - start_time
# 后处理进化记录器
delIdx = np.where(np.isnan(pop_trace))[0]
pop_trace = np.delete(pop_trace, delIdx, 0)
var_trace = np.delete(var_trace, delIdx, 0)
if pop_trace.shape[0] == 0:
raise RuntimeError('error: no feasible solution. (有效进化代数为0，没找到可行解。)')
# 绘图
if drawing != 0:
ga.trcplot(pop_trace, [['种群个体平均目标函数值', '种群最优个体目标函数值']])
# 输出结果
if maxormin == 1:
best_gen = np.argmin(pop_trace[:, 1]) # 记录最优种群是在哪一代
best_ObjV = np.min(pop_trace[:, 1])
elif maxormin == -1:
best_gen = np.argmax(pop_trace[:, 1]) # 记录最优种群是在哪一代
best_ObjV = np.max(pop_trace[:, 1])
print('最优的目标函数值为：%s'%(best_ObjV))
print('最优的控制变量值为：')
for i in range(NVAR):
print(var_trace[best_gen, i])
print('有效进化代数：%s'%(pop_trace.shape[0]))
print('最优的一代是第 %s 代'%(best_gen + 1))
print('时间已过 %s 秒'%(times))
# 返回进化记录器、变量记录器以及执行时间
return [pop_trace, var_trace, times]
目标函数和罚函数
NVAR 是指的变量个数，查看下
if badCounter >= 10 * MAXGEN: # 若多花了10倍的迭代次数仍没有可行解出现，则跳出
break
这一步怎么解释,badCounter
FitnV = ga.ranking(maxormin * ObjV, LegV, None, SUBPOP)
这里的ranking就是生成适应度，maxormin控制最大化或者最小化，SUBPOP表示子群数目，这个数是多少？
if distribute == True: # 若要增强种群的分布性（可能会造成收敛慢）
idx = np.argsort(ObjV[:, 0], 0)
dis = np.diff(ObjV[idx,0]) / (np.max(ObjV[idx,0]) - np.min(ObjV[idx,0]) + 1)# 差分计算距离的修正偏移量
dis = np.hstack([dis, dis[-1]])
dis = dis + np.min(dis) # 修正偏移量+最小量=修正绝对量
FitnV[idx, 0] *= np.exp(dis) # 根据相邻距离修改适应度，突出相邻距离大的个体，以增加种群的多样性